Le manifestazioni allergiche sono il risultato di una esagerata reazione del sistema immunitario nei confronti di alcune sostanze estranee all'organismo, gli allergeni.
Il sistema immunitario ha la funzione di difendere l'organismo dalle infezioni di virus, batteri e funghi che altrimenti si replicherebbero fino a esaurire le risorse dell'ospite. Quando un soggetto allergico (atopico) viene a contatto con un allergene, il sistema immunitario identifica l'allergene come un "invasore" e reagisce mediante la produzione di grandi quantità di anticorpi specifici, chiamati immunoglobuline (IgE).
Una volta che il sistema immunitario si è sensibilizzato, i successivi contatti con l'allergene possono indurre risposte avverse di tipo e gravità differente, quali: irritazione delle mucose (occhi, naso, gola, bronchi), starnuti, rinite, eczema, asma e perfino shock anafilattici dalle conseguenze a volte letali.
Gli allergeni possono essere inalati, ingeriti o semplicemente toccati, possono essere di tipo organico e inorganico, naturalmente presenti nell'ambiente o di origine antropica (sostanze chimiche, sostanze vegetali, alimenti, farmaci, metalli, ecc.).
Tanto più è elevata la concentrazione della sostanza allergizzante, la frequenza di esposizione e la durata, tanto più è alto il rischio di sensibilizzazione e di reazioni cliniche importanti.
I più comuni allergeni di natura biologica sono pollini, muffe, insetti, peli e altri derivati animali, acari.