Il sistema immunitario ha la funzione di difendere l'organismo dalle infezioni di virus, batteri e funghi che altrimenti si replicherebbero fino a esaurire le risorse dell'ospite. Quando un soggetto allergico (atopico) viene a contatto con un allergene, il sistema immunitario identifica l'allergene come un "invasore" e reagisce mediante la produzione di grandi quantità di anticorpi specifici, chiamati immunoglobuline (IgE).
Una volta che il sistema immunitario si è sensibilizzato, i successivi contatti con l'allergene possono indurre risposte avverse di tipo e gravità differente, quali: irritazione delle mucose (occhi, naso, gola, bronchi), starnuti, rinite, eczema, asma e perfino shock anafilattici dalle conseguenze a volte letali.
Gli allergeni possono essere inalati, ingeriti o semplicemente toccati, possono essere di tipo organico e inorganico, naturalmente presenti nell'ambiente o di origine antropica (sostanze chimiche, sostanze vegetali, alimenti, farmaci, metalli, ecc.).
Tanto più è elevata la concentrazione della sostanza allergizzante, la frequenza di esposizione e la durata, tanto più è alto il rischio di sensibilizzazione e di reazioni cliniche importanti.
I più comuni allergeni di natura biologica sono pollini, muffe, insetti, peli e altri derivati animali, acari.